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マイクロアレイの問題
マイクロアレイを42チップ分(14X3Reps)外注に出しているんだけど、最初のrepは綺麗に結果が出たけど、後の2つのバックグラウンドが高いということで、外注先が原因究明の真っ最中。他のグループのサンプルにも同じ問題が出たということで相手側の責任だということみたいなので、追加料金は掛からなそうなのが救い。一応、一番欲しいデータの部分は綺麗に結果が出てるので、何とか結果の議論が出来そうだけど、この問題の部分を論文にどう書くか(もしくはどうやって記述を避けるか)というのを考えると頭が痛い。ダメだった分を全部やり直してもらうという手もあるけど、サンプルが足りなくなりそう。その場合にどうするかとか、結果が汚い部分の料金の支払いについてとかいろいろと交渉ごとが出てきそう。Microarrayは未だに料金がやたらと高いので普通の実験よりお金の心配を、学問的な興味より優先させなくてはいけない部分があって面倒。

外注先はアラビでのBioinformaticsの研究室がMicroarrayの設備の管理運営をしているということで、解析の段階でより良い解析が出来るのではないかという期待とこの研究室にコネクションを作りたいということで選んだんだけど、最初のサンプルで問題があったので、今後のことについての再検討が必要かもしれない。実は既に送ったサンプルが14チップ分、今年度分のサンプルは100チップ分以上あるので、結構大きな問題なのだ。
# by yaaaaay | 2006-04-24 01:09 | 研究一般


初めてのブログ
ブログを始めてみようと思います。
見てくださる方が居てコメントを下さればうれしいです。
これが実際に始めた日ですが、他のブログから移植した古い書き込みがいくつかあります。
自己紹介等やブログを始めたきっかけ等はまた今度書こうと思ってます。
# by yaaaaay | 2006-04-17 15:31 | その他


Dictionary of Useful Research Phrases
書き物が一段落したと思ったら、今日また新たに書かなきゃいけないものが増えた。しくしく。。
4つぐらい一気に増えたうちの一つはボスが"忙しいからやってる暇がない"という論文のレビューで私とAさんでやることになってました。
私も今かなり忙しいのにぃっっ。。。
そう思っても口には出せないのが哀しい所。
それに良い勉強になるのも確か。がんばろっと。

そういう時に見ると、見るたびに可笑しいのが下の論文の用語集。

http://www.shanemcdonald.com/laughs/l-research-phrases.html
http://www.sfu.ca/physics/ugrad/Yearbook2000/quotes%20&%20grad.htm
http://www.ourstrand.com/jokes/11-25-2000.htm
# by yaaaaay | 2006-04-12 05:41 | その他


読解力の問題?
私達の仕事では、論文に実験の仕方を全部書いておく事になっている。それによって、世界中のどこでも同じ実験が出来るはず(建前)ということになっている。でも、実際は書いてある通りにやるより、既に出来る人に聞きながらやるか試薬会社の出すプロトコール(こっちの方がずーっと丁寧)を見ながらやることが多い。
オタワに来てからは身近に研究者があまりいないので、仕方なく論文を読んでやっているのだが、下のような記述が出てきた。
接木をするために植物を切るそのためのかみそりを用意する場合。

The corner of a double-edged razor blade was cut with heavy paper shears to create a wedge-shaped blade that was inserted into an X-Acto knife handle (Hunt, Philadelphia). Cutting the blade produced a nearly 90° curl from base to tip that facilitated making perpendicular cuts through the vegetative stem while the plants were in pots.

b0080169_3164112.jpgこれを読んで、左の写真の様な剃刀を思い浮かべて、「本当にこれで良いのか!?」と思ってうちの研究室の数少ないネィティブスピーカーのA君にも読んでもらったら、いきなり鋏を持って、左の写真の手で持つ分厚い部分に刃を入れ始めた。

それを見たHさんが「あなた達は何をしてるの!?」とびっくりして飛んできた。で、出してきてくれたのが下の写真の剃刀。double-edgedを剃刀の表裏両面で切れると言う意味だと思ってたけど、左右両面って意味だったのね。。。これなら簡単に切れると納得。

b0080169_317825.jpg

私達には読解力がないのか、それとも物を知らないのが悪いのか。。。Hさんは頼むと何でも探し出して来てくれる素晴らしい人なので、今度から疑わしいときは彼女に聞いてから行動しようと思いました。
# by yaaaaay | 2006-02-06 14:05 | 研究一般


アメリカからカナダへ就職 Vol. 2
続きは明日とか言いながら、ずーっと書いてなかった就職の時のことの続きを書きます。そろそろ面接一周年なので。

◎ 面接
電話でのインタビューが終わって、一人でじっとしてられなかった私は研究室に言って、やはり就職活動をしている友達を始め、何人かの人に電話の報告をしました。一通り話し終わって、電話のお礼のメールを書くために院生のオフィスに戻ってきたら、すでに先方からのメールが来ていました。

You were the last to be interviewed ! We can now proceed with the collection of references and complete our short list to submit to NSERC for referrals. I would like to invite you to visit us in Ottawa in the meantime. If you can accumulate your expenses on your credit card we can reimburse you for travel, accommodation and per deum for expenses. I would recommend a visit over the next 2 weeks if that is possible for you. Let’s talk about dates if you are seriously interested in this position.
Best Wishes

かなりポジティブな反応だと思って早速行くことにしました。電話での面接が1/27で2/7、8にオタワを訪ねることが決まりました。
実はアメリカではOPT(オプティカルトレーニング)のステータスで滞在中でアメリカでの仕事もないので、一度国を出たら戻れないんじゃないかとかなり心配して、ISS(International Student & Scholar)に相談に行ったりしました。出ない方が賢明とのアドバイスだったけど、強行しました。
なお、面接の際の経費は向こう持ちで航空運賃、ホテル代、それと日々の雑費を少々を1ヵ月後くらいに清算して頂きました。

2/7の夕方にオタワ到着。ボスが迎えに来てくれる。名前から日系かイタリア系の人じゃないかと言ってたんだけど、中国人風の背の低い人だった。日系3世とのこと。以前のボスも日系3世のアメリカ人で今度のボスは日系3世のカナダ人なんて不思議な縁だ。
すぐ研究室に連れて行ってもらうけど、夕方であまり人が居ない。一旦ホテルに送ってもらえて着替えてから食事に連れて行ってもらう。ちなみに面接の前に大学のキャリアセンターで面接の練習をさせてもらったんだけど、その時のアドバイスに「お酒は飲まないこと」って言うのがあったので、忠実に守ってジンジャーエールにしといた。緊張の余り逆に飲みすぎたり、陽気になって失言したりしがちだからだそう。お酒好きの印象を与えるのも好ましくないし。
食事中は仕事の話もしたし、オタワでの生活の話やお互いの私生活の話、カナダとアメリカの違いの話などをして和やかな雰囲気。なかなか楽しくお食事が出来た。(しかも美味しかった。)その後ホテルまで送って頂き翌日のお迎えの時間を約束して別れる。

翌日の朝、ホテルで拾ってもらって研究室に行き、セミナー。博士の発表会と同じスライドを使いつつも話の内容は相手に合わせてちょっと変えてみた。ここの人たちの興味のなさそうな所はさらっと流し、テクニシャンや学部の学生さんが居たのでイントロダクションを丁寧にやった。
その後、研究室の人々と個別に面談。前任者が既に他所の研究所に移っているのに来てくれて仕事の内容を説明してくれた。その後、3人のテクニシャンと二人の院生のうちの一人と話をする。最初にあったテクニシャンがもう3年居るってのに驚いてたら、次の人は8年、最後の人は13年居ると聞いて勤続期間の長さに驚く。それだけ居心地がいいのだろうなぁと好印象。研究室も小さいけど設備は整っている印象。その後、研究室で皆でピザをお昼ご飯に食べ、空港まで送っていただく。道中、面接の感想や現在の選抜の状況(何人候補者が居て、どれくらい採るつもりがあるかとか、私の方に本当に来る気があるのかとか)について話し合い別れる。

翌日、さっそく無事に帰ったことの報告と面接のお礼のメールを出し、その後書類を集めて提出した。大学院の指導教官が出張中で連絡が取れなかったり、帰って来ても忙しいからとなかなか推薦書を書いてくれなくて、書類をそろえるのに2週間くらい掛かった。
漸く、書類をそろえて出して、しばらくしてボスの考えでは採用したいけど、一応審査を通さなきゃいけないのでそれに数週間かかることの連絡が来る。

この審査にどれだけ掛かるかというボスの予想は伸びに伸び、途中で諦めて日本に帰り、それでも来なくて。。。という状態があったんだけど、それはまた今度(っていつだろう。。。)。

今、友達が就職活動中で苦労話を聞くけど、本当に仕事が少ないそう。私の場合もすんなりとはとても言えないけど、仕事が決まって本当に良かった。今の所、結構仕事に満足してます。
# by yaaaaay | 2006-02-03 15:37 | アメリカからカナダへ


魔法使い?
最近A君に実験にはコントロールを必ずつけることと散々言ってたら、素直な彼は必ずPCRをする時に水をテンプレートのネガティブコントロールとすることにしたそうだ。そして、PCRのプライマーペアのポジティブコントロールとしてはチューブリンのプライマーセット。教科書どおりの正しいPCRの仕方って感じだ。

なのに、水のレーンでチューブリンが増幅してしまったそう。

A君「水しか入れてないのに、チューブリンが増幅した!!水からDNAを作れるなんてまるで魔法だ!」
私「そんなはずないじゃん。何かがおかしいんだよ。水かプライマーかどちらかコンタミしてるんじゃない?」
A君「違うよ。これは大発見だよ。Nature(すっごく有名な雑誌。ここに論文が載るのは科学者の夢の一つ)に論文が載るかも!」
私「はいはい、ちょうど例の韓国の教授のようにね。」

その後、マジシャンならホグワット(ハリーポッターの魔法使いの学校)に行けるかな!?でも、年齢制限に引っかかるかもね。って話になり、
A君「大人が行ける魔法使いの学校はないのかな?」
私「知らなーーい。でも、自分が魔法使いだと信じている人の行く施設なら知ってるよ。」
A君「そこには行かないっ!」
私「そればかりは誰にも分からないよね。」

こういう前向きな発想は実は結構好きです。それにしても嫌味ばっかで返してしまったわ。ここんとこ、忙しくて普段にも増して性格きつくなってるから気をつけよう。

なんか、いろいろと失言をしてる気がするわ。。。
# by yaaaaay | 2006-02-02 13:02 | 研究一般


ボスの家でお呼ばれ
今月の初めにボスから「22日に娘が帰ってくるから食事に来ないか?」ってメールで誘われたので、「喜んで」と答えておいた。
だけど、うちのボスは言うだけのことが多いから今度もその口だと思ってたら、本当だった。

仕事帰り(って言っても午後4時)にボスの車で連れて行ってもらう。他には誰が来るんだろうと思ってたら、ボスのガールフレンドが来ただけで、全部で4人。しかも不思議な取り合わせ。
ボスカップルが料理している間、初対面のボスの娘と取り残されて、最初は戸惑ったけど、だんだん慣れてきた。
皆で宗教のこと、カナダの原住民の問題、などなど普段と違う話題で会話が盛り上がり面白かった。彼はワインコレクターなので、ワインをいろいろ出してくれて解説したり、地下のワイン置き場を見せてくれたりした。

メニューはアペタイザーが2種類のチーズ。
メインが豚肉にワイルドライスがメインのスタッフィングをくるんだもの。付け合せに芽キャベツのフェタチーズ和えとジャガイモのバター炒め。
デザートは手作りのクリームブリュレにレモンスクエア。
生物学者は料理の上手い人が多い。私もがんばろうっと。
# by yaaaaay | 2005-12-22 22:33 | 日常生活


フランス語
フランス語を喋るフランス系カナダ人とランゲージ・エクスチェンジをして居るんだけど、この人が2回に一回の割合で来ないのだ。それも連絡なしで。

毎回言い訳はあるんだけど、何だか疲れた。今回の理由は交通事故。本当だったら大変なことなんだけど、そんなに何回も都合良く(悪く?)直前に問題が起きるものなのだろうか?

ところで、職場の人やアメリカ人の友達にこのフランス語の人の話をすると、即座に"辞めろ"と言われるんだけど、北アメリカの人には分かる危険サインみたいなものがあるのかなぁ。

さて、何と言って断わろうかなぁ。

2対一で日本人の友人と一緒なので、勝手に辞めて彼女に迷惑が掛かるといけないのでその辺の調整も気を使う。
# by yaaaaay | 2005-12-16 12:47 | 日常生活


je ne parle pas français
今日も職場でフランス語の電話を取ってしまった。
最近フランス語の勉強を始めたのをみんな知ってるので、『フランス語の知識を総動員してフランス語で答えたの?』なんて、からかわれる。

私にはそんな芸当はとても出来ません。総動員したところで、1から9まで数えるとか、アルファベットを言ってみるとか、私は日本人ですとか、なんの役にも立たないことしか言えません。

おまけに下手にフランス語が出来ると思われたりしたら大変だし。でも、せめて『私はフランス語が出来ません。』ってフランス語で言えると良いなぁと思って教えてもらいました。ところが、これが結構長いし覚わらなかった。

フランス語が出来ないってことすらフランス語では表明できないと分かった哀しかった。
# by yaaaaay | 2005-12-09 11:54 | 日常生活


校閲
今日はずーっと読み物をしていた気がする。

昨日、電話で大学院時代の友達と話したら、以前のボスの一人が学内新聞に出ていて、大学のサイトの表紙になっているという。
お世話になった先生だし、その後の展開も気になるのでニュースを見に行って論文をいくつかダウンロードして読む。たった1年足らずの間にずいぶん論文が出ていてびっくり。

その後、研究室のA君に彼のFinal Reportの校閲を頼まれる。ちょっと前にCommittee Meeting用のProgress Reportの校閲をしてあげたのを気に入ってくれたみたいで"You are a very good editor"なんて言われて調子にのって引き受ける。

そしたら、これが長い上にレビューだから参考文献にあたらなきゃいけないから大変。期限もあるだろうから早く仕上げなきゃと思ってやってるんだけど、やっと半分に到達したところ。。。

他人の目を気にする小心者の私にとって、校閲って結構気を使うのだ。殊に"一応"指導する立場にある訳で、学生さんの自信を失わせるような直し方をしてはいけないし、かと言って間違ってる所はちゃんと指摘しなきゃいけない。いろんな意味でバランスが難しいし、校閲した文章が意味をなして無かったらみっともないので神経を使う。

reduction of funtionなんて用語を使っているので、そんな言葉は無いでしょうと決め付けて、『遺伝学の用語は厳密な定義があるので勝手に用語を作り出してはいけません。』とかコメントしてから念の為に検索かけたら意外と使われていて、慌ててコメント削除した。恥ずかしい。。。

でも、この用語は誰かが勝手に使い出して広まっちゃった類いだと思うなぁ(しぶとく抵抗)。この言葉がそれに当たる確信はないけど、『間違いなんだけど広まっちゃった用語』と言うのも結構あって、それも扱いに迷うところ。確信が無いと直せないけど気になるんだよね。

今日は、この校閲のために10時過ぎまで研究室に残ってた。で、帰って来てもまだやってる。。。人の宿題なのにとちょっと空しくなるけど、私もいろんな人に助けてもらったから"Pay it forward"って思いながらやってる。頑張ろっと。
# by yaaaaay | 2005-12-04 14:14 | 研究一般

    
アメリカで学位取得後カナダでポスドクをしています。自分が調べた時に情報がなかったので、どなたかの参考になればと思っています。
by yaaaaay
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